小智一行人在旅行途中突然遇到「夢幻神奇寶貝」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國… 擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的大臣賈維斯，得到了他長年所追尋的終極發明。那就是500年前誕生於阿佐特王國的人造神奇寶貝——瑪機雅娜，以及據說寄存在瑪機雅娜體內，被稱為「魂心」的未知力量。 究竟被綁在一起的小智和波爾凱尼恩，能不能合力救出瑪機雅娜呢？然而，隱藏於「魂心」中的真正力量又是什麼？神奇寶貝史上最火熱的對戰即將開始！