專注研究於「未知圖騰」的秀力博士, 不慎被吸入奇異的空間輪內而行蹤不明，女兒小美在思念父親的情況下，開始排列父親所發現的未知圖騰卡，沒想到卻因此而開啟了可怕的「結晶世界」，隨著結冰的速度，讓小美家瞬間變成了一座高聳的結晶塔！不可思議的狀況就此發生…… 小智一行人到達綠色草原鎮想要繼續未來的訓練旅程，卻對突如其來的景象感到震驚，因為原本美麗的綠色草原鎮，一瞬間竟然變成冰冷冷的結晶之鎮！小智的母親與大木博士得知此消息後，立刻趕到綠色草原鎮與小智們會面，就在這個時候，傳說中的神奇寶貝炎帝突然出現了！即使是在皮卡丘的阻檔下，仍然無法阻止炎帝搶走小智的母親！ 面對這突發的狀況，小智是否能找回自己的母親呢？而這傳說中的神奇寶貝炎帝又是從何而來的呢？為何綠色草原會變成結晶世界呢？所有的謎題答案，就等著你來結晶塔的世界裡發掘吧！