就在X戰警為證明清白，著手調查試圖刺殺總統的變種人的來歷時，X教授的訓練學校遭受到史崔克將軍下令突擊，並逮捕數名學生。史崔克將軍的意圖令X教授感到困擾，加上一種會令變種人致命的全新病毒被人類研發出來，引爆兩族群間的仇恨與戰火。於是萬磁王一意孤行，決定完成終極的報復行動，維繫變種人的生存。