在很久很久以前，還沒有神奇寶貝球的時代，在歐德魯朗城裡，展開了一場神奇寶貝大戰，勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，使用波導努力的阻止這場大戰，最後戰爭終於平息，人們也稱亞朗為波導的勇者。而在幾百年之後，小智一行人來到這座城裡，參加了讚頌勇者亞朗而舉行的神奇寶貝對戰和熱鬧慶典，在對戰比賽之中，小智和皮卡丘贏得了最後的勝利，亦獲得在祭典時拿著勇者之杖，並化身為勇者的權利！ 然而，封印在勇者之杖中的神奇寶貝-路卡利歐，在此時甦醒，並且對眾人說出『亞朗將他封印後棄城逃走』的話；另一方面，住在世界初始之樹的夢幻，因為想要有人陪伴，所以逕行帶走了皮卡丘和喵喵，小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶領之下，往世界初始之樹的方向出發。 在這座神秘的初始之樹底下就竟隱藏了什麼樣的謎團？而勇者亞朗真的拋下路卡利歐棄城逃走了嗎？小智能順利找回皮卡丘嗎？路途中會有什麼樣的阻礙在等著他們呢？而隱藏在路卡利歐的過去與「波導傳說」的詳情又是什麼？精采的冒險旅程，即將等您6月30日前往戲院欣賞喔！