電影的舞台王冠市是個水與綠茵、古老街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的「神奇寶貝足籃世界盃」，小智一行人向王冠市前進。在旅途中，小智們與正在尋找同伴的神奇寶貝「索羅亞」相遇，並一起結伴同行。 就在此時，被稱為「索羅亞克」的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比，也面臨了危險…。 王冠市到底面臨著什麼樣的危機？幻影的霸者「索羅亞克」的身分究竟是？雪拉比的命運又會如何？小智和皮卡丘是否能夠解救城裡遭遇危險的神奇寶貝們？