在一場將整座城市燃燒殆盡的大災害中，年幼的衛宮士郎失去了一切，後來被一名自稱是魔術師的人物所收養。十年後，士郎繼承養父遺志，為了讓自己成為「正義使者」而每天努力鍛鍊魔術，但由於他欠缺才能，所以自始至終只學會一種魔術。某日，士郎因故捲入一個被稱為「聖杯戰爭」的魔術師之間的戰鬥，並偶然與其中一位Servant（從者）「Saber」訂下契約，被迫當上了主人(Master)。當他得知十年前的那場大災害也是因聖杯戰爭而引發後，為了不讓悲劇重演，士郎決定主動投入這場戰爭……。