深藏於地底的淨土「鑽石礦國」，是寶石神奇寶貝小碎鑽們生活的美麗國家。這個國家有著巨大的「神聖鑽石」，提供維持礦國運作的重要能源。而可以製造出神聖鑽石的，正是礦國的公主－蒂安希。隨著時間的流逝，神聖鑽石的生命即將到達盡頭，若蒂安希仍無法製造出新的神聖鑽石，鑽石礦國將會毀滅！就在此刻，蒂安希遇見了小智一行人，為挽回鑽石的光芒，他們一同踏上尋找「生命神奇寶貝」哲爾尼亞斯的旅程。然而在前方等待著他們的是，沉睡於繭中、曾經在卡洛斯地方造成毀滅性破壞的「破壞神奇寶貝」伊裴爾塔爾……！