小智和皮卡丘將前往有寶可夢樂園之稱的奥可雅森林，並和由薩戮德撫養長大的人類孩子「可可」相遇。第一次交到了「人類朋友」讓一直深信自己是寶可夢的可可心中產生了一絲懷疑及煩惱，即使如此，可可還是決定和小智及皮卡丘攜手共同對抗打亂奧可雅森林平靜生活的不速之客。