本劇延續《寶貝老闆：家大業大》故事，描述西奧多·天普頓 (Theodore Templeton) 被誣陷犯下侵佔罪，不得不當回寶貝老闆 (Boss Baby)，跟老哥提姆 (Tim) 及兩個姪女住在一起。姪女分別是學霸泰貝莎 (Tabitha) 和寶貝企業 (Baby Corp) 員工蒂娜 (Tina)。寶貝老闆與蒂娜聯手率領新的外勤小組 (Field Team)，奮力衝高寶寶的愛 (Baby Love)，並拼命防堵不給抱抱團 (The Uncuddleables)，不讓這群新冒出來的死對頭摧毀寶貝企業。