史上最凶惡的超生物–殺老師揚言將月球炸掉了七成，並聲稱明年3月要炸毀地球，卻因不明目的而擔任椚丘中學3年E班的教師。各國首腦決定將暗殺任務交給椚丘中學3年E班的同學，為他們配送特製的對老師用特殊武器，簡稱S·A·A·U·S·O，希望學生們能在一年之內消滅殺老師，報酬是一百億日元。從第二學期開始，國家決定讓暗殺成功者獨得一百億日元報酬，協力團體共享三百億日元報酬，學生們因此開始了暗殺老師的任務…