西曆5012年，突然入侵地球的外星人與其製造的機械生物導致人類面臨滅亡危機，僅存的人類逃向月球，為了奪回地球，利用人造人士兵展開反攻作戰。然而無限增加的機械生物阻擋在前讓戰爭陷入膠著狀態，作為最終兵器，人類派遣新型人造人–寄葉部隊至地球。剛被派往地球的2B與先行調查員9S會合一同執行任務，卻在途中遇見許多神祕難解的現象…