《忍者龜：變種大亂鬥》這部全新動畫片敘述忍者龜四兄弟，遠離人類世界多年之後，決定主動出擊，希望能夠靠著他們的英勇事蹟贏得紐約客的心，並且獲得他們的接納，成為正常的青少年。 他們的新朋友艾波歐尼爾也協助他們試圖扳倒一個神祕的犯罪集團，但是當對方派出一支變種軍團，他們很快就發現他們根本就是自不量力。